医院临床科室一应俱全，综合救治能力强，拥有两座分院，九个病区、两个社区卫生服务站，专业覆盖中、西、内、外、妇、儿、手术室以及特色专科（如自然疗法专科、名中医工作室）和社区卫生服务中心。老年病房等设施完善。
一内科以中风、功能康复、脑病专科、神经内科及呼吸内科为主要特色。科室配备了传统中医中药、针刺艾灸以及现代规范的康复理疗等全方位治疗手段。科室主任甘健及副主任医师李锐争等人才汇聚，拥有丰富临床经验。科室设备齐全，包括全套康复器材、脑循环治疗仪等。中西结合、功能康复及自制中风系列药品是该科治疗的独特之处。
二内科是本院专科特色明显的临床科室，主要治疗肿瘤、血液、免疫性疾病及顽固性痛症等内科疑难杂症。科室拥有多名医师和先进的微波热疗机，介入手术医师及心电监护仪等抢救设施。采用中西医结合的治疗方法，中医中药结合介入动脉灌注加栓塞和微波热疗治疗肝癌取得了显著效果。自主研究的中成药制剂如平积粉胶囊和益元生血片在临床应用中获得了病友的好评。
三内科由心血管内科和糖尿病专科组成，是的重点建设内科，中西医结合治疗冠心病、心肌梗死等疾病效果显著。科室的主任医师李红在运用中西医结合治疗慢性心功能衰竭方面积累了丰富的经验。自制的中药如心脑血脉通、冠心乐颗粒等疗效确切，深受患者好评。糖尿病专科采用中西医结合的治疗方式，重视“益气养阴化瘀”，通过中药足浴、针灸等特色治疗，在糖尿病及其并发症的治疗方面达到省内水平。
四内科以肝胆病、胃肠病等疾病为主，采用中西医结合的治疗方法，对慢性肝炎、重症肝炎等疾病有显著疗效。科室引进了先进的电子胃镜等设备，为患者提供全面的诊断和治疗服务。该科室的名中医专家团队为疑难病症的诊治提供了有力支持。
骨一科由创伤骨科和颅脑外科组成，是全市交通事故定点专科和重点学科之一。科室对创伤的抢救及诊治享有很高的声誉，颅脑外伤抢救和康复优良率处于市内水平。创伤骨科融合了传统中医特色和现代科技，在治疗各种类型的骨与关节损伤方面拥有独特技术。
骨二科主要以椎间盘突出、骨质疏松等疾病为主，采用微创治疗和椎间盘镜手术系统技术的完美组合，使椎间盘突出症患者得到更好的治疗。该科室还积累了数代肾病专家的经验，形成了疗效独特的系列专病专方，对肾脏疾病的治疗效果显著。老年病科针对老年人多病共存的特点，提供多系统、多器官的综合治疗服务。老年病专科医生具备全面的老年内科知识和一门专业知识，重视老年人的心理疏导和健康宣教工作。糖尿病专科是省卫生厅重点中医专科之一，采用中西医结合的治疗方法改善胰岛功能和控制血糖水平防治糖尿病及其并发症效果显著。自然疗法专科以中医学理论为指导充分发挥传统医学和现代医学的优势结合先进的理疗设备成为独具特色的自然疗法专科。肛肠痔瘘科则专注于肛肠疾病的诊治为患者提供全方位服务治疗患者的各类问题有效改善患者生活质量此外科室也积极展开各种疾病预防和健康宣教活动提高全民健康水平为该领域贡献出巨大价值获得了群众一致认可。萍乡市第二人民医院是一所集医疗、科研、教学、急救和预防、保健、康复为一体的综合性医院。该医院拥有多个特色专科，其中包括肛肠科、口腔科、皮肤科等。
肛肠科是该医院早成立的专科之一，拥有规模大的专业队伍和先进的诊疗设备。该科室在继承祖国医学遗产和中西医结合防治肛肠疾病方面积累了丰富经验，并在痔疮肛瘘治疗上独具特色，疗效显著。
口腔科拥有先进的诊疗设备和整洁的医疗环境，提供安全舒适的诊疗服务。该科室设有口腔外科学组、口腔内科学组、口腔正略学组和口腔修复学组，针对不同患者制定周密的诊疗计划。
皮肤科是该市一家以突出中医特色、结合现代医学治疗皮肤病的临床专科。该科室采用中医、中西结合方法治疗各种皮肤病和性传播疾病。
该医院还有急诊科、内五科、内六科、眼科、耳鼻喉科、妇产科、美容科、检验科、体检科、放射科等相关科室。
萍乡市第二人民医院位于萍乡市萍大道牛角坪，占地165亩，是江西省现代化花园式绿色医院。该医院多次被评为江西省群众满意医院、江西省民主评议政风行风“人民群众满意的医院”、江西省卫生庭院、江西省文明单位等称号。
